В Арбитражном суде рассматривается жалоба на решение аукционной комиссии, согласно которому организация не допущена к аукциону. По требованию суда в заседание представлен пакет документов, поданный организацией в адрес ответчика для участия в аукционе. Пакет документов предоставлялся в аукционную комиссию в прошитом виде. При осмотре данного пакета в судебном заседании я обнаружила что пакет прошит не тем способом каким был прошит при подачи его в аукционную комиссию. С одного бока пакета документов имеется борозда от затянутой нити, но нить там не проходит. Наклейка на прошивке слегка расклеена. В пакете не хватает одного документа, из-за которого организацию не допустили к аукциону.
Какая должна быть экспертиза и какие мне необходимо поставить вопросы, чтобы в дальнейшем заключение этой экспертиза было основанием для возбуждения уголовного дела.

Гость, заключение эксперта не является основанием для возбуждения уголовного дела.
Смотрите ст. 140 УПК РФ "Поводы и основание для возбуждения уголовного дела":
1. Поводами для возбуждения уголовного дела служат:
1) заявление о преступлении;
2) явка с повинной;
3) сообщение о совершенном или готовящемся преступлении, полученное из иных источников.
2. Основанием для возбуждения уголовного дела является наличие достаточных данных, указывающих на признаки преступления.
Т.е. возбуждать УД или нет - решать будет не эксперт, решать будет суд проанализировав и сопоставив все известные ему по вашему делу сведения.
Теперь к вашему вопросу.
Надо будет назначать либо комплексную экспертизу либо несколько разных экспертиз (т.к. потребуются познания экспертов в нескольких разных областях). В данном непростом случае лучше назначать комплексную.
Трасологическая экспертиза.
На эту экспертизу будет необходимо дополнительно представить нитки которыми вы прошивали свою документацию.
Могла ли борозда, на представленной документации образоваться в результате воздействия нити (если нить была сложена в 2 или 4 раза, когда вы прошивали документацию обязательно это указываете) представленной на экспертизу?
Небольшое отступление насчет борозды. Обязательно подробнейшим образом опишите её месторасположение (чтобы эксперт не мучался в догадках о чем его спрашивает суд, т.к. наверняка новая прошивка образовала новые борозды, т.е. их несколько и эксперт, не присутствовавший на судебном заседании просто не поймет про какую из борозд его спрашивают). Я бы вообще сделал большую фотографию и стрелочками обозначил месторасположение борозды о которой идет речь и приложил её к постановлению о назначении экспертизы.
Экспертиза волокнистых материалов и изделий из них.
На эту экспертизу также будет необходимо дополнительно представить нитки которыми вы прошивали свою документацию.
Имеются ли на борозде микроволокна, однородные, по составу, с волокнами нити представленной на экспертизу?
Однородны ли нить, которой прошита документация, с образцом нити представленной на экспертизу?
Экспертиза полимеров, клеев и резин.
Этим ли клеем (представляете свой клей которым заклеивали документацию) приклеена наклейка на прошивке?
Имеются ли на наклейке наслоения стороннего клеящего вещества отличного от представленного образца?